Uganda menjadi tuan rumah kepada universiti tertua di Timur Tengah dan Afrika, yang Makerere Universiti. Universiti ini telah menjadi pusat kecemerlangan akademik selama beberapa dekad untuk bukan sahaja Ugandans pelajar tetapi juga pelajar-pelajar lain di rantau ini. Uganda mempunyai lebih 30 universiti awam.

program sarjana adalah ijazah berfokus yang memerlukan kira-kira dua tahun kerja kelas, penyelidikan dan mungkim kertas tesis untuk mendapatkan. Program maju pengajian membolehkan pelajar pakar lagi persekolahan mereka di kawasan yang menarik minat mereka.