Uganda menjadi tuan rumah kepada universiti tertua di Timur Tengah dan Afrika, yang Makerere Universiti. Universiti ini telah menjadi pusat kecemerlangan akademik selama beberapa dekad untuk bukan sahaja Ugandans pelajar tetapi juga pelajar-pelajar lain di rantau ini. Uganda mempunyai lebih 30 universiti awam.

Sarjana Sains adalah program akademik maju yang ditawarkan oleh kolej dan universiti kepada pelajar-pelajar yang telah memperoleh ijazah sarjana muda. Pendapatan MSc yang boleh membawa kepada peluang yang lebih besar profesional dan peribadi untuk graduan.